La FGNE está capacitada para realizar todos los cometidos doctrinales de Operaciones Especiales. Las capacidades de la FGNE se ven incrementada por la acción de las dotaciones y aeronaves de la Flotilla de Aeronaves de la Armada cualificadas para Operaciones Especiales Aéreas y el apoyo de submarinos y buques y del Grupo de Apoyo Especializado (GAES) compuesto por unidades de la Brigada de Infantería de Marina Tercio de Armada y de la Fuerza de Protección que le aportan capacidades complementarias.